Projekt Comenius zastrešuje Slovenská akademická asociácia pre medzinárodnú spoluprácu, konkrétne jej Národná agentúra Programu celoživotného vzdelávania.  Comenius je zameraný na podporu vzájomného spoznávania sa a zbližovania žiakov pochádzajúcich z rôznych kultúrnych prostredí a slúži predovšetkým na odbúravanie medzietnických rozporov a predsudkov medzi mladými Európanmi. Takisto má tento projekt podporiť čo najintenzívnejšie výučbu cudzích jazykov.  Naše gymnázium vďaka výborne vypracovanému projektu našimi učiteľmi pod vedením Mgr. Martiny Talpašovej a Mgr. Zuzany Trail uspelo v máji 2011 svojou prihláškou v silnej konkurencii viac ako 160 záujemcov z radov slovenských základných a stredných škôl (štátnych, cirkevných aj súkromných). Ciele projektu Comenius sa dosahujú spoluprácou v bilaterálnych a multilaterálnych partnerstvách počas 24 mesačnej spolupráce. Naša škola je súčasťou trojstranného multilaterálneho partnerstva, kde sú našimi spolupartnermi stredné školy z Nemecka a Španielska, konkrétne Gesamtschule Weierheide z Oberhausenu (Severné Porýnie-Westfálsko, neďaleko Dusseldorfu) a Colegio Nostra Segnora de la Granada Santo Angel z mesta Llerena (Extremadura, neďaleko Sevilly). Nosnou témou našej spolupráce trvajúcej od septembra 2011 do júna 2013 je „Z rôznych dejín (historických skúseností) do jednej spoločnej budúcnosti?!“.  Našou úlohou v tomto partnerstve bude spolupodieľanie sa na tvorbe spoločnej webovej stránky nášho partnerstva, kde predovšetkým študenti nášho gymnázia budú tvoriť samostatné bilingválne (slovensko-anglické) prezentácie čerpajúce z našej histórie, geografie, hospodárstva a kultúry, aby sme čo najlepšie priblížili našim partnerom naše vlastné historicko-spoločenské skúsenosti ako ponaučenie pri vytváraní ducha modernej a spolupracujúcej Európy v druhej dekáde 21. storočia.

Súčasťou partnerstva je aj podpora vzájomného spoznávania sa študentov zúčastnených škôl, ktorá sa realizuje pomocou vzájomných výmenných návštev. Výber našich študentov pre tieto pobyty je predovšetkým podľa miery aktivity a zapojenia sa každého študenta a je pod kuratelou školského Comenius tímu (učitelia – PaedDr. Slavomír Šoffa,  Mgr. Martina Talpašová, Mgr. Zuzana Trail, Mgr. Marek Joščák). Žiaci zapojení do projektu týždenne pracujú v rámci krúžku ResPublica na pripravovaných aktivitách projektu pod vedením koordinátora projektu Comenius na našom gymnáziu – p. učiteľom Slavomírom Šoffom.  Vo februári 2012 sa vybraní žiaci zúčastnia týždňového pobytu u rovesníkov Gesamtschule Weierheide z Oberhausenu v Nemecku, v máji 2012 sa žiaci našej školy zúčastnia týždňového pobytu v Colegio Nostra Segnora de la Granada Santo Angel v meste Llerena v Španielsku.  V posledných septembrových dňoch roka 2012 privítame žiakov navštívených stredných škôl z Llereny a Oberhausenu u nás – v Košiciach. Záverečné stretnutie všetkých zúčastnených krajín v španielskej Barcelone sa uskutoční v máji 2013. Veríme vo veľký prínos zapojenia sa našich študentov v spoznávaní kultúrnych tradícií zúčastnených krajín.